Mikroorganizmy występujące w pierwotnym i wtórnym leczeniu kanałowym różnią się znacząco, ale nawet w tym wypadku laseroterapia skutecznie usuwa obydwie flory bakteryjne. Laser w endodoncji wykorzystujemy głównie przy odkażaniu kanałów korzeniowych, leczeniu stanów zapalnych przy wierzchołkach jak również przy przyspieszeniu gojenia się zaników kostnych po stanach zapalnych.